Klub powstał z połączenia klubów BC 01 i Sülz 07 13 lutego 1948. Drużyna jest pierwszym, historycznym zwycięzcą rozgrywek ligowych Bundesligi RFN w 1964, ćwierćfinalistą Klubowego Pucharu Europy w 1965 roku, z którego został wyeliminowany przez przegrany rzut monetą po remisowym dwumeczu z Liverpoolem. Klub posiada również sekcje piłki ręcznej, tenisa stołowego i gimnastyki.
W klubie występowali w przeszłości Polacy: Tomasz Kłos, Andrzej Rudy, Tomasz Zdebel, Dariusz Dziekanowski, Andrzej Kobylański, Sławomir Peszko oraz piłkarz polskiego pochodzenia Janosch Dziwior. Obecnie w 1. FC Köln występują Adam Matuszczyk i Kacper Przybyłko.